Никак не мог разобраться с работой drush 8 в случае если у нас несколько БД подключены через 'prefix' в settings.php. Drush не загружался до конца (завершал 5ую фазу и все), он подключал базу и дальше на этап 6 bootstrap`а не переходил.
Обратите внимание что индекс 'default' в 'prefix' - должен остаться пустым.
Получится что-то вроде:
'prefix' => array (
'default' => '',
// Было 'default' => 'db0.',
'role' => 'db1_shared .',
'role_permission' => 'db1_shared .',
'sessions' => 'db1_shared .',
'users' => 'db1_shared .',
),