Все никак руки не доходили выложить 'напоминалку' по рабоче с репозиториями на хостинге, и вот случилось.
На сервере создаем папку в которой будет хранится сам git репозиторий, мы его отделяем от рабочей директории сайта, чтобы файлы в директории .git никаким образом небыли доступный снаружи:
$ mkdir website.git && cd website.git
$ git init --bare
Initialized empty Git repository in /home/ams/website.git/